HFMD заразен в течение двух недель, а контагиозность исчезает по крайней мере через две недели изоляции, то есть когда температура тела становится нормальной и сыпь полностью исчезает. Другими словами, HFMD не заразен через две недели, и большинство детей с HFMD болеют в легкой форме, выздоравливают исключительно хорошо и имеют относительно благоприятный прогноз. Если есть тенденция к тяжелому течению болезни, ребенка следует активно лечить. Тенденция к тяжелому течению болезни заключается в том, что у ребенка высокая температура, возраст до 3 лет, плохое психическое состояние, судороги и высокий уровень крови. Также важно быть внимательным к развитию осложнений со стороны центральной нервной системы, легочных или сердечных осложнений, которые являются факторами высокого риска плохого прогноза.