Гастроскопия более болезненна по сравнению с колоноскопией. Поскольку гастроскопия предполагает проникновение через горло, обследуемый может испытывать удушье или боль. Однако колоноскопия также может вызвать боль за углом, которая обычно не является серьезной. Если проводится безболезненная гастроскопия или безболезненная колоноскопия, пациент обычно не испытывает боли, а процедура является более короткой и менее инвазивной, при этом нет разницы в индексе боли между двумя безболезненными процедурами. Гастроскопия и колоноскопия обеспечивают визуальное наблюдение слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта с высокой четкостью, что позволяет быстро заметить заболеваемость, своевременно выявить состояние и своевременно провести лечение целенаправленными методами.