Наиболее распространенными последствиями болезни Кавасаки у маленьких детей являются окклюзия коронарных артерий, стеноз или тромбоз коронарных сосудов, или даже разрыв коронарной аневризмы, что может привести к дисфункции миокарда и даже угрожающим жизни состояниям, вероятность возникновения которых составляет 25%. Ранняя диагностика болезни Кавасаки и быстрое лечение аспирином или иммуноглобулином могут снизить риск развития последствий и улучшить прогноз ребенка. У детей с болезнью Кавасаки следует регулярно оценивать функцию сердца в подростковом возрасте.