В клинической практике йодофор является относительно распространенным дезинфицирующим средством и широко используется, поскольку он меньше раздражает кожу и более эффективен в дезинфекции. Поскольку пациентам часто приходится использовать дезинфицирующие средства во время медицинских процедур, особенно хирургических, йодофор широко используется, поскольку он меньше раздражает кожу, чаще всего для хирургической дезинфекции. Перед проведением операции вскрываемую область необходимо продезинфицировать антисептиком, и в большинстве случаев для этого выбирают йодофор. Медицинский йодофор можно использовать и в повседневной жизни, например, при самостоятельном лечении ран.