Заболеваемость этим заболеванием составляет примерно 9-19 случаев на 100 000 детей, а смертность — 1,5-2%. Заболеваемость детей в возрасте до 5 лет составляет примерно 80%, причем мальчиков больше, чем девочек, а поражение коронарных артерий встречается примерно у 20% пациентов. Заболевают в основном дети в возрасте от 2 до 5 лет, локальные вспышки обычно происходят в конце зимы или весной. Болезнь Кавасаки обычно протекает самостоятельно, острая фаза длится около 14 дней. Это заболевание поддается лечению, и большинство детей полностью выздоравливают после острой фазы без дальнейшего лечения.