Продолжительность курса приема пробиотиков зависит от заболевания. Как правило, при обычном остром воспалении ЖКТ пероральные пробиотики можно принимать около 5-7 дней; при хронических желудочно-кишечных расстройствах с дисбиозом может потребоваться 1-2 месяца. У нормальных людей кишечная флора сбалансирована и оказывает большую помощь в усвоении витаминов и других питательных веществ. При таких заболеваниях, как кишечные инфекции, кишечная флора может быть нарушена. Разрушение флоры, вызванное острыми кишечными инфекциями, носит временный характер и может быть быстро восстановлено. Достаточно краткосрочного перорального приема кишечных пробиотиков в течение примерно 1 недели, главным образом для того, чтобы сыграть роль в подавлении вредных бактерий, а широко используемый Saccharomyces boulardii обладает определенными противовоспалительными свойствами. При хронических кишечных расстройствах, вызванных нарушением кишечной флоры, пероральные пробиотики следует принимать не менее 1-2 месяцев до установления нормальной флоры, а период лечения должен определяться в зависимости от симптомов пациента. У здоровых людей кишечная флора находится в стабильном состоянии, поэтому длительное применение пробиотиков не рекомендуется во избежание нарушений кишечной флоры.