Не существует определенного времени приема пробиотиков для регулирования работы желудочно-кишечного тракта, поскольку длительность применения варьируется от человека к человеку и от заболевания к заболеванию. Для пациентов, длительно принимающих антибиотики, пробиотики принимаются для регулирования кишечной флоры обычно в течение 0,5 месяца, а для пациентов с длительными запорами пробиотики могут применяться в течение длительного времени. В разных случаях выбор пробиотиков различен. При хронических запорах можно использовать Lactobacillus и Bifidobacterium, а при рецидивирующей диарее лучше использовать Bacillus subtilis и Bifidobacterium. Выбор пробиотиков должен осуществляться под руководством врача. Для пациентов с диареей и запорами необходимо выяснить причину запора или диареи, и после исключения органических поражений можно проводить пробиотическое кондиционирование для регулирования микроэкологии кишечника и достижения цели защиты здоровья кишечника.