При аномалиях ЭЭГ возможно восстановление. Наиболее распространенным заболеванием с аномалиями ЭЭГ является эпилепсия, при которой тесты могут выявить эпилептические волны, включая шипы, корешки, пики и медленные волны. Кроме того, все органические заболевания мозга, затрагивающие кору головного мозга, могут вызывать отклонения в ЭЭГ, чаще всего это различные виды энцефалита или менингита. Даже при отсутствии эпилептических волн у пациента часто наблюдаются диффузные медленноволновые нарушения. В этом случае заболевание пациента лечится агрессивно с помощью длительных пероральных противоэпилептических препаратов для лечения эпилепсии и целенаправленных антибиотических противоинфекционных и противовирусных препаратов для лечения энцефалита, и ЭЭГ приходит в норму после выздоровления пациента. ЭЭГ может быть нормальной между припадками, а во время припадков могут возникать аномальные волны, поэтому ее следует регулярно контролировать.