Колоноскопия и гастроскопия в целом безвредны, но существует небольшая вероятность получения травмы по разным причинам. Гастроскопия может вызвать повреждение слизистых оболочек рта или других частей тела, но такие симптомы относительно слабые и быстро заживают. У некоторых пациентов с язвами желудка во время гастроскопии может возникнуть кровотечение или даже перфорация язвы, что является более серьезным, но менее распространенным состоянием. Иногда колоноскопия может вызвать повреждение слизистой оболочки или небольшое выделение крови, но такие симптомы слабо выражены и быстро проходят. Травма кишечника, например кровотечение или даже перфорация кишечника, также возможна и является более серьезной, но обычно устраняется эндоскопически и встречается редко. Если пациенту необходимо провести гастроскопию или колоноскопию, он должен четко объяснить врачу свою текущую и прошлую историю болезни и сотрудничать с врачом, чтобы уменьшить вред, наносимый организму во время операции.