Снижение уровня пепсиногена в основном связано с такими заболеваниями, как хронический поверхностный гастрит, хронический атрофический гастрит, эрозивный гастрит и рак желудка. Поскольку пепсиноген-1 и пепсиноген-2 секретируются в основном главными клетками фундальных желез и клетками слизистой шейки слизистой оболочки желудка. Клетки слизистой шейки желез кардии, пилоруса и двенадцатиперстной кишки также секретируют пепсиноген 2. Воспаление слизистой оболочки желудка может приводить к незначительному снижению уровня обоих пепсиногенов. При атрофическом гастрите или атипичной гиперплазии клеток слизистой оболочки желудка пепсиноген 1 значительно снижен, а пепсиноген 2 слабо повышен. Это может быть связано с уменьшением секреции желудочной кислоты и снижением потребления пепсина. При раке желудка атрофия и атипичная гиперплазия слизистой оболочки желудка вследствие инвазии опухолевых клеток приводит к снижению секреции обеих кислот.