Дети с дефектами межжелудочковой перегородки имеют высокую вероятность самоизлечения, как правило, около 30% в возрасте до 1 года. В целом, небольшие перимембранозные, мембранозные и миокардиальные дефекты межжелудочковой перегородки сердца чаще заживают самостоятельно и имеют более высокую вероятность заживления; чем больше дефект, тем ниже вероятность заживления. Чем больше дефект, тем ниже вероятность его самостоятельного заживления. Даже если дефект не заживает при последующем наблюдении, не стоит сильно беспокоиться. В настоящее время хирургическое лечение дефектов межжелудочковой перегородки эффективно и имеет высокий процент успеха, а смертность близка к 0 %. Рекомендуется уделять внимание скринингу аномалий плода во время акушерского обследования, а также своевременно проводить обследование и лечение при возникновении проблем, чтобы избежать задержки.