Для BSE, которая является инактивированной вакциной, побочные эффекты несколько выше, чем для других вакцин. У большинства пациентов может развиться лихорадка, около 10%, но обычно это умеренная лихорадка, не превышающая 39°C и длящаяся около двух дней, а у некоторых пациентов может развиться аллергия, проявляющаяся сыпью и зудом кожи. У некоторых пациентов могут развиться симптомы желудочно-кишечных инфекций, такие как боль в животе, вздутие живота, рвота, диарея, и, наконец, у некоторых пациентов могут развиться гриппоподобные симптомы, такие как заложенность носа, насморк и боль в горле. Существуют также редкие побочные реакции на вакцину BSE, включая снижение уровня белых кровяных телец и увеличение лимфатических узлов.