Повышенный уровень комплемента C1q связан со многими аутоиммунными заболеваниями, такими как системная красная волчанка, ревматоидный артрит, а также склеродермия, васкулит или аллергическая пурпура, а также подагра и остеомиелит. Комплемент C1q имеет большое значение в диагностике этих заболеваний, а также в мониторинге их эффективности. Это связано с тем, что он обеспечивает транспорт и клиренс циркулирующих в организме иммунных комплексов. Уровень комплемента C1q может транзиторно снижаться во время острой, активной фазы аутоиммунных заболеваний, таких как SLE, а затем повышаться, когда эти заболевания переходят в стадию ремиссии и выздоровления. Кроме того, уровень комплемента C1q может помочь в диагностике некоторых врожденных нарушений дефицита комплемента.