При лечении поликистоза яичников основным методом является медикаментозное лечение. При необходимости хирургического лечения может быть проведена лапароскопическая перфорация двусторонних кист яичников, чтобы способствовать дренажу фолликулов и уменьшить утолщение коры яичников. Частичная клиновидная резекция яичников также может быть выполнена для снижения нагрузки на яичники, вызванной раком поликистозных яичников. С этой процедурой также связаны риски, поскольку она может вызвать дисфункцию яичников и привести к аномалиям яичников, которые повышают вероятность образования спаек. Поэтому в большинстве случаев необходимо лечение пероральными препаратами. За исключением случаев комбинированной гистеролапароскопической операции, когда может быть выполнена двусторонняя перфорация яичников. При приеме пероральных препаратов нормальный уровень гормонов обычно восстанавливается примерно через 3 месяца или 6 месяцев, а если необходимо наступление беременности, то для повышения шансов на зачатие могут быть назначены пероральные препараты для лечения овуляции.