Как правило, при использовании низкотемпературной плазмы для лечения тонзиллита или гипертрофии аденоидов результаты относительно хорошие, а побочные эффекты отсутствуют. Однако в случае хирургии носа, хронического фарингита и лимфоидной фолликулярной гиперплазии при неправильном использовании могут возникнуть некоторые побочные эффекты. Например, в случае лимфоидной фолликулярной гиперплазии в глотке пациент может испытывать повышенную сухость и зуд в глотке в дальнейшем, если процедура низкотемпературной плазменной радиочастотной абляции не будет освоена должным образом или если область воздействия будет слишком большой. При лечении хронического или аллергического ринита, если нижняя турбината аблятируется в значительной степени, пациент может страдать от атрофии нижней турбины на более поздней стадии. В некоторых случаях это также может вызвать обильные выделения из носа, что может привести к гипервентиляции и, в некоторых тяжелых случаях, к психиатрическим симптомам, поэтому при его использовании необходимо соблюдать осторожность, чтобы убедиться в правильности показаний.