Это физическое и естественное лечение, которое не вызывает зависимости. Однако при неправильном подходе она может легко вызвать кишечные инфекции, а многократные очищения кишечника, когда катетер входит и выходит из заднего прохода, могут легко вызвать расслабление анального сфинктера, что может усугубить состояние людей с чувствительной конституцией, особенно страдающих запорами. Управление клапаном давления также является проверкой способностей техника при проведении гидротерапии кишечника. Процесс может быть болезненным и усиливать страх у некоторых людей, поэтому для проведения гидротерапии кишечника рекомендуется обращаться в обычную и опытную медицинскую клинику.