Процесс стерилизации колоноскопов является очень сложным. Очистка колоноскопа должна пройти несколько этапов: во-первых, использованный колоноскоп сначала моется водой, грязь в большинстве случаев смывается промывкой водой; во-вторых, он подвергается энзимной промывке, т.е. в промывочную жидкость добавляется энзим, который является своего рода ферментом и обладает достаточным растворяющим действием на белки, клетки и другие вещества человеческого организма, после чего его необходимо промыть водой; затем он помещается в автоматическую стерилизационную машину, которая оснащена предписанными трубными щетками. Затем он помещается в автоматический стерилизатор, оснащенный предусмотренными щетками для очистки труб промывочной и всасывающей трубок, после чего его необходимо второй раз подвергнуть ферментативной промывке и снова поместить в стерилизатор. Весь процесс занимает около 4-5 раз различных форм дезинфекции, после чего его необходимо насухо продуть воздушным пистолетом высокого давления. Дезинфекция очень чистая, не приводит к распространению заболеваний, и грязи не будет, поэтому дезинфекция при колоноскопии очень тщательная.