Фарингит клинически отличается от фарингита, который чаще всего связан с вирусным фарингитом — заразным воспалением горла, вызванным коксакивирусной инфекцией. В отличие от этого, фарингит в основном наблюдается при остром фарингите или хроническом фарингите. Причина острого фарингита обычно связана с инфекцией Streptococcus b haemolyticus. Хронический фарингит в основном вызван снижением иммунитета местной слизистой и неполным заживлением острого фарингита, либо раздражением миндалин и воспалением верхних дыхательных путей. Таким образом, основное отличие фарингита от фаринголарингита обычно связано с бактериальной или вирусной инфекцией. Кислотный рефлюкс также может вызвать воспаление горла, которое лучше лечить путем подавления желудочной кислоты, тогда как лечение фаринголарингита обычно требует противовирусной терапии. Поэтому при фарингите или фарингоскопии необходима оперативная ларингоскопия, чтобы исключить причину.