Риски безболезненной гастроскопии относительно незначительны. Общими рисками безболезненной гастроскопии являются случайная анестезия и повреждение слизистой оболочки желудка. При проведении безболезненной гастроскопии пациенту необходимо оценить возможность анестезии. В большинстве больниц работают опытные анестезиологи, поэтому вероятность случайной анестезии редка. Во время безболезненной гастроскопии неизбежно повреждение слизистой оболочки желудка из-за необходимости наблюдения за содержимым желудка. Однако, если врач опытный, серьезных повреждений слизистой можно избежать. В некоторых случаях в желудке могут присутствовать полипы и неопознанные новообразования, требующие биопсии, что приводит к локальному повреждению тканей. Однако при надлежащем уходе после биопсии рана постепенно восстановится, не вызывая серьезных последствий. Перед безболезненной гастроскопией также проводится электрокардиограмма и тест на гепатит В, что снижает риск сердечно-сосудистых заболеваний и перекрестного инфицирования.