Болезнь Кавасаки у маленьких детей может оказать значительное влияние на будущее ребенка, если миокардит и коронарный васкулит развиваются и поражают сердце. Если в результате артериита развивается артериальная аневризма или происходит кальцификация, окклюзия или стеноз коронарных артерий, это может повлиять на кровоснабжение сердечной мышцы и обычно приводит к инфаркту миокарда и сердечной дисфункции, что может повлиять на рост и выживание ребенка. В случае аневризмы разрыв может быть опасен для жизни. Однако прогноз для детей, у которых не было сердечного приступа, как правило, хороший.