Существует множество типов врожденного мегаколона, включая тотальный толстокишечный тип, тип длинного сегмента, обычный тип и тип короткого сегмента. В зависимости от длины дефекта нервных клеток различаются клинические симптомы, а также методы лечения. Эффект лечения мегаколона типа «вся толстая кишка» очень низкий, относительно хорошего способа нет, в общем, на ранней стадии необходимо делать фистулу, проводить специальные операции, например, операцию Мартина. Если речь идет о длинносегментном типе, например, отсутствует весь ганглий сигмовидной кишки, относительно длинная такая аномалия толстой кишки, то при операции обычно решают проблему свища, чтобы ребенок мог нормально питаться, не испытывал недостатка в питательных веществах, на втором этапе можно сделать операцию анастомоза толстой кишки. Короткосегментарный и распространенный типы в настоящее время можно лечить малоинвазивным способом, например лапароскопически, с простой резекцией аномальной кишки и наложением реанастомоза. Если речь идет о короткосегментарном типе или локальной дилатации анального стеноза, то иногда после анальной дилатации длительно существующая дилатация может сниматься медленно. Поэтому такого рода операции обычно основываются на тяжести заболевания, при тяжести заболевания можно сначала выполнить фистулу, при относительно легкой степени можно выполнить I этап операции непосредственно анастомоз.