Причинами повышения щелочной фосфатазы являются травмы печени, повреждения желчных протоков, холестаз и опухоли. Щелочная фосфатаза содержится в основном в эпителии желчных протоков, и повышение щелочной фосфатазы отражает травму печени с вовлечением желчных протоков или вследствие обструкции желчных протоков и застоя желчи. К основным причинам обструкции желчных протоков и повреждения печени относятся некоторые лекарственные препараты, алкогольная болезнь печени вследствие хронического употребления алкоголя, камни в желчных протоках, воспаление желчных протоков и опухоли желчных протоков, которые блокируют желчные протоки и повышают щелочную фосфатазу в крови. Кроме того, некоторые неопластические заболевания могут сочетаться с аномальным повышением щелочной фосфатазы.