Мазок мокроты и культура мокроты используются как средство диагностики дыхательной системы и наличия возможных инфекционных агентов. Мазок мокроты — это прямой мазок мокроты пациента на предметное стекло, которое окрашивается соответствующим образом для поиска возможных патогенов. Например, наличие Mycobacterium tuberculosis определяется путем поиска антацидных бактерий. Культура мокроты проводится путем помещения мокроты в специальный культуральный сосуд, где при определенной температуре и влажности, а также при наличии необходимых питательных веществ она культивируется на наличие возможных патогенов, после чего берутся мазки. Как правило, в клинической практике мазок мокроты считается положительным при наличии большего количества колоний бактерий, которые можно увидеть. Если анализ отрицательный, но есть подозрение на возможного возбудителя, мокроту можно повторно культивировать. Если возбудитель культивируется, то причина заболевания обнаруживается именно в этом случае.