Существует относительно хорошо отработанная клиническая процедура проведения гайморотомии. Первым шагом является подробный сбор истории болезни пациента перед процедурой, исключение гипертонии и диабета, а также синусита и гайморита. Пациента также просят пройти пародонтологическое лечение, чтобы поддерживать гигиену полости рта в относительно хорошем состоянии. Во время процедуры проводится полная дезинфекция, включая кожу внутри рта и вокруг рта. Слизистая верхнечелюстной пазухи отслаивается от стенки верхнечелюстной пазухи, между слизистой верхнечелюстной пазухи и стенкой дна верхнечелюстной пазухи помещается искусственный костный материал, тем самым поднимая высоту крыши альвеолярного гребня, и устанавливается искусственный корень зубного имплантата. После процедуры пациента просят в течение 5-7 дней полоскать рот и правильно использовать антибиотики, а также просят как можно чаще осматривать пациента еженедельно в течение 4 недель.