Основными побочными реакциями фенофибрата при длительном приеме являются желудочно-кишечные симптомы, такие как абдоминальный дискомфорт, диарея, запор и кожная сыпь. Неврологические побочные реакции включают слабость, головную боль, потерю либидо, импотенцию и даже головокружение и бессонницу. Длительное применение фибратов способно вызвать хронический гепатит, похожий на аутоиммунный тип I, который может постепенно восстановиться после прекращения приема препарата. Фенофибрат может вызвать легкое повышение уровня глутатиона и грелина и иногда может вызвать повреждение мышц. Фенофибрат повышает активность эстеразы липопротеинов, ускоряет катаболизм липопротеинов очень низкой плотности и ингибирует синтез и секрецию липопротеинов очень низкой плотности в печени. Фенофибрат в основном снижает уровень триглицеридов, клинически хорошо переносится, легко вводится и имеет период полувыведения 20 часов.