Для уничтожения H. pylori используется четырехсторонняя терапия, часто состоящая из двух антибиотиков плюс препарат висмута и ингибитор протонной помпы, и имеющая следующие побочные эффекты. Антибиотики, такие как амоксициллин и кларитромицин, которые могут вызывать аллергические реакции при применении, а также оказывать убивающее действие на флору кишечника, что приводит к дисбиозу кишечной флоры, проявляющемуся в виде вздутия живота, болей в животе, запоров и диареи. Висмут, например коллоидный висмут, после применения может вызывать запоры, темный стул и темный язык. Ингибиторы протонной помпы, такие как омепразол, имеют относительно незначительные побочные эффекты.