При более серьезном течении язвы прямой кишки возможно хирургическое вмешательство. В тех случаях, когда состояние язвы прямой кишки не улучшается при медикаментозном лечении, или когда состояние тяжелое, или осложняется серьезными осложнениями (например, перфорация кишечника и т.д.), может быть проведена операция. Однако в основном медикаментозному лечению подвергаются язвы прямой кишки, например, язвы, вызванные обычным воспалением, которые можно контролировать с помощью таблеток месалазина, покрытых энтеральной оболочкой. Если язва вызвана туберкулезом кишечника, то для лечения следует использовать противотуберкулезные препараты (например, изониазид). Можно также принимать препараты, регулирующие кишечную флору, например капсулы с живыми бактериями Bifidobacteria Triple. Рекомендуется, чтобы пациенты следовали указаниям врача по регулированию лечения, не занимались слепым самолечением; в то же время в питании необходимо избегать стимулирующих диет, делать некрахмалистую диету, чтобы наладить работу кишечника, не допускать сухого стула, ухудшающего симптомы язвы.