Основными осложнениями после фемтосекундной лазерной хирургии являются избыточная или недостаточная коррекция, то есть возможное отклонение от предоперационного целевого значения. Это может быть вызвано неточным предоперационным рефракционным обследованием или различными хирургическими условиями, а также хирургической практикой. Также может произойти регрессия рефракции. Если после операции у пациента наблюдается затуманенное зрение в течение длительного периода времени, рефракционное обследование глаз может показать, что ошибка рефракции вернулась, что может быть связано с послеоперационным использованием глаз, заживлением ран и другими факторами. Многие люди жалуются на сухость глаз после операции, в основном потому, что сенсорные нервные волокна были перерезаны во время операции, что привело к снижению выработки основной слезы.