Неонатальная анальная атрезия, которая до сих пор чаще встречается у живорожденных, является тяжелым состоянием в неонатальном периоде. Патогенез не до конца изучен и может быть связан с генами и наследственностью. Основным проявлением является упорная рвота после рождения, при этом при осмотре отсутствует нормальное анальное отверстие у анальной крипты. У всех этих детей наблюдается сильное растяжение живота, рвота начинается после рождения и после открытия груди. Операция — единственное решение этой проблемы. Существует множество вариантов хирургического вмешательства в зависимости от расположения анальной атрезии. Если она расположена низко, то операция относительно проста. При среднем и высоком расположении атрезии операция может быть поэтапной. У детей с анальной атрезией часто наблюдается сочетание аномалий других органов, например, пороков сердца. Анальная атрезия протекает более агрессивно и требует оперативного лечения в течение короткого времени после рождения.