Во-первых, это эффект внешнего вида, который является основной мотивацией, заставляющей пациентов обращаться за медицинской помощью. Что еще более важно, косоглазие влияет на зрительную функцию обоих глаз, а в тяжелых случаях отсутствует хороший стереопсис. Стереопсис — это развитая зрительная функция, которой обладают только люди и высшие животные, и которая является одним из необходимых условий для выполнения людьми тонкой работы. Без хорошего стереоскопического зрения существуют значительные ограничения в обучении и трудоустройстве. Большинство людей с косоглазием также страдают амблиопией. В результате длительного косоглазия на одном глазу, другой глаз отстает или перестает развиваться, и в дальнейшем, даже при наличии соответствующих очков, зрение не будет нормальным. В детском возрасте косоглазие также влияет на развитие всего скелета, например, компенсаторное положение головы при врожденном паралитическом косоглазии, которое вызывает контрактуры мышц шеи и патологическое искривление позвоночника, а также асимметричное развитие лица.