При приеме пропилтиоурацила у пациентов могут наблюдаться следующие побочные эффекты: чаще всего сыпь или зуд кожи, некоторые из которых могут перерасти в эксфолиативный дерматит; могут возникнуть гематологические побочные реакции, в основном легкая гранулоцитопения, редко тяжелый гранулоцитоз, тромбоцитопения, тромбоспондинопения или снижение фактора свертывания VII, а также апластическая анемия. Другие возможные побочные эффекты включают потерю вкуса, тошноту, рвоту, дискомфорт в верхней части живота, артралгию, головокружение, головную боль, васкулит, волчаночноподобный синдром. Редкие побочные эффекты включают гепатит, который может перейти в желтуху и длиться до 10 недель после прекращения приема препарата, интерстициальную пневмонию с кашлем и одышкой, а также возможные нефрит и васкулит с поражением почек. Во время приема препарата важно регулярно проверять показатели крови и функции печени.