Побочные эффекты лаважа легких, как правило, незначительны, у некоторых людей наблюдаются лихорадка и кровохарканье. Промывание легких означает промывание большого объема альвеол и обычно имеет мало побочных эффектов. Интраоперационные побочные эффекты включают кровотечение и анестезию, а также послеоперационные осложнения, такие как лихорадка, кровохарканье, инфекция и дыхательная недостаточность, все из которых в основном можно улучшить с помощью лечения. Смертельные побочные эффекты лаважа легких встречаются редко, поэтому лаваж легких является относительно безопасным методом лечения. Для пациентов с такими заболеваниями, как пневмокониоз и отложение альвеолярного белка, если заболевание диагностировано, следует рассмотреть возможность проведения лаважа легких как можно раньше, а не ждать, пока функция легких ухудшится, когда риски выше и вероятность побочных эффектов больше.