Операции по поводу мезотелиомы желудка обычно проводятся в отделении общей хирургии или отделении желудочно-кишечной хирургии, а также в отделении гастроэнтерологии, если проводится гастроскопия. Мезотелиому желудка можно лечить как с помощью открытой, так и лапароскопической операции. Открытая операция более безопасна, но более инвазивна, в то время как лапароскопическая операция менее инвазивна, но более рискованна. Опытные хирурги часто могут использовать лапароскопическую технику, но если они недостаточно опытны, то в ход идет открытая операция. Для разных частей мезотелиомы желудка требуются разные хирургические подходы. Если опухоль находится в теле или дне желудка, может быть проведена частичная гастрэктомия. Если опухоль находится в кардии или пилорусе желудка, требуется большая резекция желудка. В настоящее время, благодаря новым методикам, если опухоль небольшая и находится в пилорусе или кардии, может быть выполнена эндоскопическая ESD, то есть иссечение слизистой оболочки, которая менее травматична для пациента и обычно выполняется в гастроэнтерологических отделениях.