Прогноз неонатальной эпилепсии обычно зависит от степени доброкачественной и злокачественной эпилепсии, при этом у разных людей он сильно варьирует. 1. доброкачественная эпилепсия: прогноз при доброкачественной эпилепсии обычно хороший, большинство новорожденных могут хорошо контролировать состояние, некоторые новорожденные могут быть проконтролированы с помощью операции или лекарств, и если пациент прошел возраст начала заболевания, и человек находится в хорошем физическом состоянии, рецидивов заболевания обычно не бывает. 2. злокачественная эпилепсия: если заболевание носит злокачественный характер и сопровождается синдромом Леннокса-Гастаута, прогноз может быть относительно плохим, а некоторые из пострадавших детей могут страдать от последствий, которые могут включать умственную отсталость, эпилепсию, паралич, а также атаксию, гиперактивность, нарушения речи, аудиовизуальные нарушения и легкую церебральную дисфункцию. Прогноз неонатальной эпилепсии должен оцениваться специалистами, а пациенты с симптомами эпилепсии должны быть диагностированы и пролечены как можно раньше, чтобы избежать несвоевременного лечения.