Антидепрессанты имеют побочные эффекты, причем у разных антидепрессантов они разные. Селективные ингибиторы обратного захвата 5-гидрокситриптамина, часто называемые в клинической практике SSRI, имеют наиболее распространенные побочные эффекты в виде желудочно-кишечных реакций, таких как тошнота, рвота и диарея, однако постпрандиальное дозирование, т.е. прием препарата после еды, может в некоторой степени ослабить желудочно-кишечные реакции. Также наблюдаются возбуждение, суетливость, например, у пациентов с ранним обострением симптомов суетливости, нарушения сна, данный вид побочных эффектов приводит к сопутствующим симптомам тревоги на ранней стадии приема препарата, усилению тревоги или нарушению сна, и часто на ранней стадии лечения пациентам назначается комбинация бензодиазепинов для смягчения побочных эффектов в этом отношении. У пациентов, принимающих этот препарат, также могут возникать нарушения половой функции, такие как трудности с эрекцией или эякуляцией, потеря либидо и фригидность, а также мигрень и головные боли напряжения. Кроме того, SSRI повышают риск падений, а у некоторых пациентов длительное применение SSRI может привести к увеличению массы тела. Селективные ингибиторы обратного захвата 5-гидрокситриптамина и норадреналина, известные также как СИОЗС, имеют общие побочные эффекты, сходные с таковыми у СИОЗС, такие как тошнота, рвота и сексуальная дисфункция. Существуют также побочные эффекты, связанные с активностью норадреналина, такие как повышение артериального давления, учащение сердцебиения, сухость во рту, повышенное потоотделение и запоры. Наиболее распространенные побочные эффекты трициклических препаратов связаны с антихолинергическими побочными эффектами, такими как сухость во рту, запор, нечеткость зрения, затрудненное мочеиспускание. Побочные эффекты со стороны сердечно-сосудистой системы, такие как вертикальная гипотензия, брадиаритмия и тахикардия. Имеются также антигистаминергические побочные эффекты, седативный эффект, увеличение массы тела и неврологические побочные эффекты. Однако пациентам нет необходимости отказываться от приема препаратов из-за побочных эффектов, поскольку, как показывает клинический опыт, для большинства пациентов побочные эффекты новых антидепрессантов, таких как СИОЗС и СИОЗС, относительно мягкие и хорошо переносятся пациентами, принимающими эти препараты. Как правило, побочные эффекты продолжаются около 2 недель и постепенно уменьшаются или даже исчезают.