Чистая хирургия не считается профилактическим средством для беременных женщин, кормящих матерей, детей, пожилых людей, а также людей со слабым здоровьем печени и почек. К чистым операциям относятся операции на щитовидной железе, молочной железе, костях и суставах, в таких ранах не будет бактерий. К лицам, которым не показано профилактическое применение препарата, относятся беременные женщины, у которых применение препарата может повлиять на развитие плода, что делает их подверженными преждевременным родам, выкидышам и уродствам плода. Для кормящих женщин в случае применения препарата существует вероятность того, что препарат может попасть в организм ребенка через грудное молоко и вызвать поражение печени и почек или побочные реакции. Детям профилактическое применение не рекомендуется из-за незрелого развития органов. У пожилых людей со слабой функцией печени и почек применение препарата может вызвать усугубление поражения органов. Поэтому для чистой хирургии в целом не стоит рассматривать профилактическое применение препаратов, тем более для особых групп населения, если уж приходится использовать, необходимо взвесить все «за» и «против».