Зубная паста с фтором является предпочтительной, поскольку содержащийся в ней фтор повышает устойчивость зубов к кариесу и предотвращает возникновение кариеса. Фтор при местном применении может взаимодействовать с гидроксиапатитом в эмали, образуя фторапатит, который более нерастворим в кислоте, повышая устойчивость эмали к кислотности и тем самым увеличивая способность зуба сопротивляться кариесу. В то же время повышенная концентрация фторид-ионов может способствовать реминерализации зубов, а в случае раннего кариеса — его окончанию или реминерализации и предотвращению дальнейшего возникновения и развития кариеса. Поэтому зубная паста с фтором имеет много преимуществ для зубов, и в клинической практике некоторые случаи раннего кариеса лечатся применением фтора, поэтому рекомендуется применять зубную пасту с фтором. Иногда фторсодержащую зубную пасту не рекомендуют применять детям и подросткам из-за риска проглатывания пасты и риска развития флюороза зубов. Однако проглоченное количество или количество фтора, содержащегося в зубной пасте, имеет очень малую вероятность развития флюороза зубов или потенциальной причины флюороза.