Побочные эффекты операции по установке кардиостимулятора головного мозга относительно очевидны. Во-первых, процесс хаотических разрядов и неразрядов, поскольку, в конце концов, электрокардиостимулятор мозга — это устройство, и в некоторых случаях его неисправность может вызвать и аномальные разряды. Следовательно, это также может стать причиной рецидива эпилепсии у пациента или регенерации ситуации возникновения новых эпилептических очагов. Поэтому относительно часто в клиниках встречается кардиостимулятор головного мозга, который имеет определенную временную потребность в батарее, если батарея не заменяется в указанное время, то могут возникнуть и определенные побочные эффекты. Во-вторых, риск инфицирования. Ведь на кардиостимулятор головного мозга устанавливается инородное тело, а организм человека на инородное тело имеет самую основную реакцию отторжения, особенно в процессе установки, происходит внутричерепное инфицирование, часто на поздней стадии возникают различные лихорадки, головная боль, тошнота, рвота и ряд инфекций, например, изменения, и даже необходимо проводить электроды кардиостимулятора, которые будут снова выниматься. В-третьих, это может вызвать кровотечение в головном мозге, поскольку, в конце концов, процесс имплантации в мозг должен проходить через определенные кровеносные сосуды, а после операции смещение кардиостимулятора, вызванное напряженной деятельностью, может также поцарапать кровеносные сосуды, поэтому существует вероятность образования кровотечения в головном мозге как побочного эффекта.