Воспалительные инфекции мозговой ткани вызываются патогенными микроорганизмами, которые пересекают гематоэнцефалический барьер и достигают местной мозговой ткани, тем самым инфицируя клетки мозга. Первопричиной является собственная иммунная система организма, например, у тех, кто поздно ложится спать, испытывает стресс, курит, много пьет, страдает от простуды, бессонницы и недоедания. Кроме того, люди с диабетом, хронической сердечной недостаточностью, хронической обструктивной болезнью легких, хроническими опухолями, СПИДом, длительным употреблением гормонов, а также пожилые люди и дети также подвержены энцефалиту, который вызывается низким иммунитетом, из-за которого вирусы, бактерии, туберкулез, грибки и другие патогены вторгаются в ткани мозга. Существуют также неинфекционные формы энцефалита, такие как аутоиммунный энцефалит, опосредованный аутоиммунитетом, который также является распространенным типом энцефалита в клинической практике.