Таблетки экстренной контрацепции менее вредны по сравнению с медикаментозным абортом, а однократный прием таблеток экстренной контрацепции несколько сильнее влияет на менструацию. После приема таблеток для экстренной контрацепции у пациенток могут наблюдаться кровотечения отмены, нерегулярные вагинальные кровотечения или влияние на овуляцию, что задерживает овуляцию и приводит к задержке менструации или кратковременной аменорее. При наступлении незапланированной беременности и обнаружении малого размера гестационного мешка проводится медикаментозный аборт, вред которого в этом случае не является однозначным. Если медикаментозный аборт проходит успешно, то последствия для женщины обычно не слишком велики. Если медикаментозный аборт не удался, проводится процедура очищения. Процедура очищения наносит больший вред, чем аборт, и может повредить базальный слой матки и вызвать образование рубцов, что может повлиять на количество менструаций в будущем или повлиять на будущую беременность и т.д. Таблетки экстренной контрацепции нанесут меньший вред по сравнению с медикаментозным абортом, в чем нет уверенности. Если аборт полностью чистый, то ущерб будет очень небольшим, но если аборт не чистый, то ущерб от очищения матки будет относительно большим.