Гастроскопия не рекомендуется детям, главным образом потому, что они младше и могут быть несговорчивыми и склонными к плачу и суете во время гастроскопии, что затрудняет работу врача. Даже если дети находятся под общей анестезией, это может легко привести к травме. Хотя говорят, что в последние годы появились гастроскопы, подходящие по размеру детям, и что во время гастроскопии у детей применяется общая анестезия, что в некоторой степени позволяет избежать сложной операции. Однако из-за небольшого размера просвета желудка и того, что дети более склонны к растяжению живота, риски во время процедуры все еще относительно высоки. Кроме того, поскольку слизистая оболочка у детей слабее, это может легко вызвать местное повреждение слизистой оболочки и даже привести к гастро-эзофагеальному рефлюксу, вызывающему рефлюкс содержимого пищеварительного тракта в дыхательные пути, что может привести к аспирации, а в тяжелых случаях — к легочной инфекции и даже опасным для жизни состояниям. Поэтому гастроскопия обычно не рекомендуется детям, а злокачественные поражения желудка у детей встречаются реже. В большинстве случаев это гастрит, пептические язвы или гастро-эзофагеальный рефлюкс, которые обычно могут быть улучшены при использовании протектантов слизистой желудка или лечения против H. pylori. В случае заболеваний, требующих окончательного диагноза при обследовании, таких как желудочно-пищеводный рефлюкс, желудочно-диафрагмальная грыжа или перекрут желудка, также возможно альтернативное обследование с использованием ангиограммы верхних отделов желудочно-кишечного тракта.