Большинство мезенхимальных опухолей обнаруживаются случайно во время гастроскопии, но некоторые пациенты обращаются в клинику с желудочно-кишечным кровотечением. Большинство мезенхимальных опухолей желудочно-кишечного тракта являются доброкачественными, но некоторые из них могут стать раковыми. Ультразвуковая эндоскопия может быть использована для выявления происхождения мезенхимальной опухоли и определения того, стала ли она раковой. Если существует высокий риск развития рака, может быть рассмотрена возможность гастроскопической или лапароскопической резекции. Если риск развития рака невелик, его также можно регулярно пересматривать.