Пациентам после трансплантации почки часто назначают сиролимус перорально из-за его способности противодействовать отторжению органов и часто рекомендуют принимать его вместе с циклоспорином или кортикостероидами. Основная причина противодействия отторжению органов заключается в том, что сиролимус подавляет активацию и распространение антигенов и цитокинов, таких как интерлейкин 2, интерлейкин 4 и интерлейкин 15, стимулирующих Т-лимфоциты, благодаря механизму действия, который сильно отличается от механизма действия других иммуносупрессивных препаратов. Сиролимус подавляет выработку антител в клетках, где сиролимус связывается с проиммунным белком, FK-связывающим белком 12, образуя иммуносупрессивный комплекс. Этот комплекс сиролимус FK-связывающий белок 12 не влияет на активацию кальциневрина. Этот комплекс связывается с молекулами-мишенями сиролимуса млекопитающих и подавляет их активность, а также способен блокировать пролиферацию Т-клеток, управляемых цитокинами.