Самый большой риск краниотомии аневризмы — это повторный разрыв и кровотечение аневризмы, потому что в процессе зажима краниотомии аневризмы легко раздражать окружающие сосуды, или даже непосредственно раздражать аневризму, и если операция проводится неаккуратно, даже разница в 1 мм может привести к разрыву аневризмы и повторному кровотечению. Последствия разрыва и кровотечения во время операции могут быть катастрофическими, а иногда кровотечение настолько агрессивное, что нет времени наблюдать за ним, и его можно лечить только паллиативно, поэтому оно представляет наибольшую угрозу. Существуют также такие ситуации, как пережатие слишком большого количества кровеносных сосудов, что вызывает закупорку и ишемический некроз нервов на конце, создавая риск церебрального инфаркта, или открытие черепа так, что внешние бактерии могут попасть в череп, создавая риск внутричерепной инфекции, и возможность повреждения паренхимальной части мозга, создавая возможность эпилепсии, множество ситуаций, которые могут привести к риску операции.