Вакцинация направлена на определенный возбудитель или даже подтип возбудителя, но не охватывает все патогены, например, существует множество вирусов, вызывающих ГФМД, а вакцина против ГФМД направлена только против ГФМД, вызванного EV71, а не Коксаки А группы 16. После вакцинации могут вырабатываться антитела, но титр антител со временем уменьшается, и защита снижается. Выработка или невыработка антител после вакцинации и титр антител связаны с иммунитетом человека. Люди с ослабленным иммунитетом, такие как больные СПИДом, пациенты со злокачественными опухолями и люди, находящиеся на длительной гормональной терапии, чаще болеют инфекционными заболеваниями, поскольку их иммунитет низкий и уровень вырабатываемых антител низкий, и эти люди подвержены вторичным инфекциям.