Естественное течение заболевания зависит от тяжести заболевания, расположения и характера поражения, протяженности поражения и собственного компенсаторного состояния. В целом, течение заболевания более длительное, если преобладает обструкция нижней полой вены печеночного сегмента, и более короткое, если преобладает обструкция печеночной вены, в некоторых случаях с острым началом, а в некоторых случаях с тяжелыми симптомами в очень короткое время, что в конечном итоге приводит к циррозу, печеночному стазу, печеночной коме, синдрому печени и почек, инфекции и даже смерти от комбинированного рака печени. Поэтому нехирургическое лечение синдрома Буга неэффективно, а смертность составляет 100%.