Проведение колоноскопии в целом не вредит организму, но во время операции возможны повреждения слизистой оболочки кишечника, кровотечения, воспаления и инфекции, а также перфорация кишечника и т. д. При безболезненной колоноскопии также может возникнуть аллергия на препараты для анестезии, сердечно-сосудистый риск, нарушение функции печени и почек и т. д.
При проведении колоноскопии необходимо активно сотрудничать с врачом, чтобы уменьшить вред, наносимый колоноскопией. При возникновении кишечных заболеваний необходимо активно сотрудничать с врачом для лечения, чтобы не пропустить заболевание.