Группам, чей кишечник не подготовлен перед колоноскопией, необходимо отложить исследование и продолжать подготовку кишечника до тех пор, пока не будет выпущен прозрачный водянистый стул, прежде чем можно будет проводить колоноскопию. Подготовка кишечника, то есть его опорожнение, необходима перед колоноскопией для того, чтобы обеспечить оператору хороший обзор кишечника и не пропустить какие-либо повреждения. Чаще всего для эвакуации кишечника используют противодиарейные препараты в виде полиэтиленгликолевых электролитов, которые должны применяться под наблюдением врача-специалиста. Большинство людей могут вывести водянистое содержимое после более чем десяти опорожнений кишечника, что свидетельствует о том, что кишечник в основном опорожнен. Однако есть несколько человек, которым не удалось опорожнить кишечник при приближении запланированного времени проведения колоноскопии, поэтому им необходимо отложить время проведения колоноскопии и продолжить подготовку кишечника. Таким людям рекомендуется пить больше воды, правильно ходить, массировать живот и т. д., что может способствовать движению кишечника и благоприятствовать его опорожнению.