Некоторые исследования показали, что у потомства, зачатого с помощью ЭКО, несколько выше вероятность развития некоторых физиологических структурных дефектов и перинатальных нарушений, таких как врожденные пороки развития и пороки сердца. С научной точки зрения нет существенной разницы между потомством, полученным в результате ЭКО, и потомством, зачатым естественным путем, с точки зрения фертильности, интеллекта, психологии и т.д.; однако некоторые исследования показали, что потомство, зачатое в результате ЭКО, более склонно к физиологическим дефектам, например, врожденным порокам развития, порокам сердца, гипербилирубинемии и т.д., чем потомство, зачатое естественным путем. Однако если у супружеской пары имеются хромосомные аномалии, то обычно требуется три поколения ЭКО, что позволяет свести к минимуму проблему отклонений в генетическом материале эмбриона. Потомство от ЭКО в этом случае не только не имеет дефектов, но и является более здоровым, чем потомство от естественного зачатия. Поэтому супружеским парам, задумывающимся об ЭКО, не следует слепо верить слухам и выбирать подходящую программу ЭКО после всестороннего обследования врачом.