Повторяющееся апноэ во время сна может привести к недостатку кислорода в организме, а периодическая гипоксия может нанести вред нескольким органам. Поскольку при апноэ трудно погрузиться в глубокий сон или легко проснуться, продолжительность глубокого сна значительно снижается, а сон становится фрагментарным. Если такое состояние сохраняется, это может привести к серьезным повреждениям различных систем и даже к внезапной смерти. Среди распространенных повреждений сердечно-сосудистой системы — гипертония, сердечная недостаточность, аритмия, ишемическая болезнь сердца и легочная гипертензия; нервной системы — инсульт, когнитивное снижение и нейродегенеративные заболевания; пищеварительной системы — желудочно-пищеводный рефлюкс; эндокринной системы — ожирение, сахарный диабет и дислипидемия. Кроме того, у этих пациентов очень высок риск анестезии во время операции, выше вероятность асфиксии и больше послеоперационных осложнений.